开启三周目冒险，首先需要完成二周目所有主线剧情并升级图鉴。通关二周目后，记得去找大木博士将图鉴升级到386版，这是解锁后续内容的关键步骤。升级后博士会提示你前往港口乘船，目的地是1号岛的火焰山。抵达后会在右侧遇到两名火箭队成员，击败他们进入山洞，用怪力术推动岩石就能找到红宝石。带着红宝石返回博士处换取船票，这样就能自由前往其他岛屿探索了。
刚下船就会遇到宿敌小茂，不过这次他不会战斗。岛上有个冰洞需要探索，注意冰面没有摩擦力，要借助石头调整方向。洞内会遇到冰天王和火箭队成员，战胜后能获得重要口令。接着去5号岛左上角冲浪，会遇到NPC赠送波克比的蛋，继续前进进入迷宫山洞，收集5个道具后会被NPC带回家，这是触发6号岛剧情的必要条件。
6号岛南边有扇需要斩树技能开启的门，进去后能找到蓝宝石，但会被火箭队抢走。这时要追到5号岛的研究基地夺回宝石，交给博士修理机器。7号岛南边废墟能捕捉安侬，之后别忘了回华蓝市左边的洞穴，用冲浪和攀瀑技能深入底层捕捉超梦。8号岛的山洞藏着凤凰和洛奇亚，迷宫路线较复杂，建议提前保存进度。
最后来到9号岛，这里需要解谜三角形机关直到变红，震动后30级的迪奥西斯就会出现。整个三周目流程以探索岛屿和收集神兽为主，部分迷宫需要反复尝试，多备些回复道具会更轻松。完成这些内容后，你的图鉴和队伍都会更加强大，为后续挑战打下基础。
